医院的前身是我国现代儿科医学奠基人诸福棠院士于1942年创建的北平私立儿童医院，至今已有60余年的历史。1979年医院成立了北京市儿科研究所。1994年医院更名为首都医科大学附属北京儿童医院，1996年被评为三级甲等医院。

医院是国内著名的儿科医疗中心，设有专业病房24个，病床970张，年门诊量210余万人次，住院病人3万余人次，手术1.3万例。现有职工1600余人，其中医技人员1293人，有高级职称190余人。